Tanah Lot zou gebouwd zijn in de zestiende eeuw op vraag van Dang Hyang Nirartha. Tijdens zijn reizen langs de zuidkust zag hij de prachtige omgeving van dit rotseiland en verbleef er een tijdje. Sommige vissers zagen hem en gaven hem eten en drinken. Later sprak hij met de vissers en vroeg hen om een heiligdom te bouwen op de rots want hij voelde dat het een heilige plaats was om de Balinese zeegoden te aanbidden. In 1980 begon de rotswand van de tempel af te brokkelen en het gebied rond en in de tempel was te gevaarlijk geworden. De Japanse overheid gaf toen een lening ongeveer 130 miljoen dollar aan de Indonesische regering om de historische tempel en andere belangrijke locaties in Bali te renoveren.
Tanah Lot is claimed to be the work of the 16th-century Dang Hyang Nirartha. During his travels along the south coast he saw the rock-island’s beautiful setting and rested there. Some fishermen saw him, and bought him gifts. Nirartha then spent the night on the little island. Later he spoke to the fishermen and told them to build a shrine on the rock, for he felt it to be a holy place to worship the Balinese sea gods. In 1980, the temple’s rock face was starting to crumble and the area around and inside the temple started to become dangerous. The Japanese government then provided a loan to the Indonesian government of approximately US$130 million to conserve the historic temple and other significant locations around Bali.