Men neemt aan dat op deze plaats vroeger een heidense tempel stond. Al in de 9e eeuw ontwikkelde zich hier tussen de moerassen een nederzetting. De eerste kerk betrof een aan de aartsengel Michaël gewijd romaans gebouw. In deze kerk werd in 1079 de toenmalige bisschop en later heilig verklaarde Stanislaus tijdens het voordragen van de mis door koning Bolesław vermoord. De moord was het gevolg van een conflict tussen de bisschop en de koning in verband met het losbandige leven van de koning. De moord leidde tot rebellie tegen de koning, die werd verbannen en onderdak vond in Hongarije. Het huidige kerkgebouw werd in de jaren 1733-1751 gebouwd op de plaats van een in opdracht van koning Casimir gebouwd gotisch godshuis uit de 14e eeuw.










De heilige Stanislaus werd in de Wawelkathedraal begraven, maar wordt in deze kerk vereerd. Jaarlijks worden op 8 mei onder grote belangstelling de relieken van de heilige in een processie van de kathedraal naar de Michaël-en-Stanislauskerk gedragen.








In de crypte van de kerk werden een groot aantal nationale bekendheden bijgezet:
– Jan Długosz (1415-1480), diplomaat en historicus
– Wincenty Pol (1807-1872), dichter, geograaf en vrijheidsstrijder
– Lucjan Siemieński (1809-1877), dichter, schrijver en vrijheidsstrijder
– Józef Ignacy Kraszewski (1812-1887), schrijver en historicus
– Teofil Lenartowicz (1822-1893), dichter en beeldhouwer
– Adam Asnyk (1838-1897), dichter, toneelschrijver en vrijheidsstrijder
– Henryk Siemiradzki (1843-1902), schilder
– Wyspiański (1869-1907), dichter, toneelschrijver en schilder
– Jacek Malczewski (1854-1929), schilder
– Karol Szymanowski (1882-1937), componist en pianist
– Ludwik Solski (1855-1954), theateracteur en -regisseur
– Tadeusz Banachiewicz (1882-1954), astronoom en wiskundige
– Czesław Miłosz (1911-2004), dichter en essayist, ontvanger van de Nobelprijs







Na de moord op bisschop Stanislaus werd zijn lichaam in stukken gereten en in een vijver buiten de kerk gegooid. Volgens de legende heelde het lichaam zich op miraculeuze wijze terwijl de vijver bewaakt werd door vier adelaars. De vijver kreeg in 1683-1689 een barokke omheining. In het midden van de vijver bevindt zich het beeld van de heilige. Tijdens een restauratie in 1895-1896 werden de stenen adelaars vervangen door gietijzeren adelaars. Er wordt geloofd dat het water van de vijver helende eigenschappen bezit, vooral voor huid- en oogziekten. Water uit de put wordt uit een fontein getapt zodat pelgrims kunnen drinken.
In 2008 voegden de Paulinische paters het openluchtaltaar van de Drie Millennia toe, met beelden die zeven belangrijke personen in de Poolse geschiedenis voorstellen.
– Augustyn Kordecki (1603-1673), prior van het klooster van Jasna Góra tijdens het beleg van Jasna Góra
– Jadwiga van Polen (1374-1399), eerste vrouwelijke monarch van het Koninkrijk Polen
– Adalbert van Praag (956-997), bisschop van Praag en martelaar
– Stanislaus van Szczepanów (1030-1079), bisschop van Krakau en martelaar
– Paus Johannes Paulus II (1920-2005), aartsbisschop van Krakau, paus van 1978 tot 2005
– Faustina Kowalska (1905-1938), non wier mystieke openbaringen de devotie van de Goddelijke Barmhartigheid inspireerden
– Jan Kanty (1390-1473), priester en professor in de filosofie en theologie aan de Academie van Krakau
Zes van deze mensen (met uitzondering van Kordecki) worden in de katholieke kerk als heiligen vereerd.

