Tijdens de viering van Sacramentsdag pleegden een door de duivel opgehitste groep hebzuchtige inwoners van Krakau een inbraak in de plaatselijke Allerheiligenkerk. Zij ontvreemdden een prachtige koperen vergulde monstrans, waarvan de kunstzinnige waarde vele malen hoger was dan de waarde van het gebruikte materiaal. Nadat de dieven ontdekten dat zij niet een gouden, maar een koperen monstrans hadden gestolen, raakten zij bezeten van angst voor de ontdekking en de straf die op deze heiligschennis stond. De misdadigers dumpten de monstrans door het voorwerp in een met bosjes overdekt moeras te gooien, een dorp dat destijds bij Krakau behoorde. Boven het moeras vlamde daarna zowel ’s nachts als overdag een blauw hemels vuur op. Velen zagen in het onverklaarbare lichtschijnsel een wonder en lichtten de bisschop Bodzęca en later de vrome vorst Casimir de Grote in. Overtuigd van een hemels teken werd een processie georganiseerd waaraan heel Krakau moest deelnemen. De processie begaf zich naar het moeras en tijdens de zoektocht naar de plek waar het licht vandaan kwam stuitte men op de extreem glanzende monstrans. De monstrans werd daarna teruggebracht naar de Allerheiligenkerk en de koning, zeer onder de indruk van het wonder, deed daarop de plechtige belofte om op de moerassige plek een kerk te bouwen die gewijd zou worden aan het Allerheiligst Sacrament.
De kerk werd dus in opdracht van koning Casimir III gebouwd op de plaats waar volgens de overlevering de gestolen monstrans met het Allerheiligste Sacrament werd teruggevonden. In eerste instantie betrof de nieuwe kerk een houten bouwwerk, maar vanaf 1385 werd begonnen aan de bouw van een stenen kerk. In 1405 werd de bouw voltooid. Koning Wladislaus II Jagiello vertrouwde in 1405 de zorg van de kerk aan de reguliere kanunniken van Lateranen toe. In 1410 werd begonnen met de bouw van het klooster voor de kanunniken. De met reliëfs van Christus, de Maagd Maria, Sint-Johannes en Poolse en Litouwse wapenschilden versierde topgevel kwam in 1500 gereed.
In 1556 viel de toren met de vier klokken ten prooi aan vlammen. Op 9 december 1594 werd de kerk opnieuw getroffen door brand waardoor het dak en het oude orgel verloren gingen.
In de eerste helft van de 17e eeuw werd het gebouw verrijkt met veel barokke kunstwerken, het mausoleum voor de in 2010 heilig verklaarde Stanislaus van Kazimierz en een aantal altaren. De inval van Zweden in 1655 maakte een eind aan de voorspoed. Een deel van de kerkschat kon in veiligheid worden gebracht, maar een ander deel moest afgegeven worden om het leven van de kanunniken te sparen. Veel boeken van de kloosterbibliotheek werden vernietigd. De kerk zelf werd ontheiligd en als paardenstal in gebruik genomen. Na de bevrijding in 1657 begon de wederopbouw.
Vanaf 1847 begon met onderbrekingen een bijna veertig jaar durende restauratie. Als straf voor de deelname van de kanunniken aan de januariopstand in 1863 tegen Rusland werd het klooster, net als alle andere kloosters in het door de Russen geannexeerde deel van Polen, geconfisqueerd. Na een moeilijke periode tijdens de communistische jaren worden in de kerk onafgebroken renovaties uitgevoerd. De uit de 15e eeuw stammende gotische kerkvensters, de kapellen en de inrichting werden net als het koorgestoelte gerestaureerd. Ook de muren van de kerk en de kloosterbibliotheek maakten deel uit van de herstelwerkzaamheden.
Op 25 januari 2005 verleende paus Johannes Paulus II de Corpus Christikerk de status basilica minor.
Travel the world 