In 1381 stond hier een houten kerk die in 1407 afbrandde. Een jaar later werd een stenen kerk in gotische stijl gebouwd in opdracht van Wladislaus II Jagiello van Polen. In 1437 werd de later heilig verklaarde Jan Kanty in de kerk begraven. Na de zaligverklaring van Jan Kanty gaf de senaat van de universiteit aan de Nederlandse architect Tylman van Gameren de opdracht om een nieuwe kerk te ontwerpen.








De gotische kerk werd in 1689 gesloopt en tussen 1689 en 1705 werd een nieuwe, grotere kerk gebouwd, naar een barok ontwerp geïnspireerd op de Sant’Andrea della Vallekerk in Rome. De Italiaanse architect Baldassare Fontana verzorgde tussen 1695-1703 de decoraties en inrichting, waaronder de altaars.











